教育部直属的副部级高校共有以下几所:
1. 北京大学
2. 清华大学
3. 北京师范大学
4. 中国人民大学
5. 北京交通大学
6. 北京航空航天大学
7. 北京理工大学
8. 北京科技大学
9. 北京化工大学
10. 北京邮电大学
11. 北京林业大学
12. 北京中医药大学
13. 中国农业大学
14. 北京外国语大学
15. 中国传媒大学
16. 中央音乐学院
17. 中央民族大学
18. 华北电力大学
19. 中国地质大学(北京)
20. 中国矿业大学(北京)
21. 中国石油大学(北京)
22. 中国政法大学
23. 中央财经大学
24. 对外经济贸易大学
25. 中国社会科学院大学
26. 中国人民公安大学
27. 中国人民武装警察部队学院
28. 国际关系学院
29. 北京体育大学
30. 中央音乐学院
这些高校在教育部直属高校中具有较高的地位和影响力,多数是“211工程”和“985工程”重点支持的大学。这个列表可能会随着政策调整而有所变化。